横浜こころの美術館は、次の体制で運営しています。
1. 運営主体：
NPO法人 横浜市精神障害者地域生活支援連合会（横浜市精連）
2. 横浜こころの美術館 企画検討委員会：
大友勝（NPO法人 横浜市精神障害者地域生活支援連合会 会長）
杉浦裕樹（NPO法人 NPO法人 横浜コミュニティデザイン・ラボ 代表理事）
3. ウェブおよびコンテンツ制作・運営支援：
NPO法人 横浜コミュニティデザイン・ラボ
4. ご支援いただいたみなさま
横浜市社会福祉協議会
横浜こころの美術館は2020年度、横浜市社会福祉協議会の助成金を得て開設されました。
